Pochodził z rodziny wywodzącej się prawdopodobnie z Niderlandów lub Lubeki. Był synem rajcy Johanna von Kempen.  Prowadził działalność kupiecką, zwłaszcza handel dalekomorski. Na początku XVIII w. zaczął także inwestować kapitały w dobra ziemskie.

Eggert von Kempen od 1606 r. był ławnikiem, od 1608 r. pełnił funkcję rajcy, w 1611 r. był sędzią, a od 1615 r. kamlarzem. Od 1618 r. sprawował urząd burmistrza.

Posiadał prywatny księgozbiór, który po śmierci został przekazany Bibliotece Rady Miasta.