Nie wywodził się z rodu kupieckiego, jednak jego pasja i dar dla Gdańska pozostawiły istotny ślad w dziejach miasta.

Odziedziczył po ojcu, Robercie Bonifacio, majątek z zamkiem Oria w Apulii oraz tytuł. W 1545 r. zrzekł się tytułu, zachowując dożywotnio dochody z majątków, oddając się pracy naukowej i literackiej.

Interesował się ruchem reformatorskim, co ostatecznie doprowadziło w 1557 r. do wydania nakazu stawienia się Bonifaciego przed sądem inkwizycji. W zaistniałej sytuacji opuścił Włochy i rozpoczął wędrówkę po krajach Europy.

Od 1591 r. osiadł w Gdańsku, gdzie w zamian za przekazanie swojego księgozbioru (ponad 1000 dzieł) władze miasta zapewniły mu dożywotnio niewielkie lokum i utrzymanie.

Dzięki darowiźnie Bonifaciego została otwarta Biblioteka Rady Miejskiej w Gdańsku.