Drugi okres działalności mennicy gdańskiej przypadał na lata 1308-1454, kiedy Pomorze Gdańskie zostało zajęte przez Zakon Krzyżacki, rozpoczęte „Rzezią Gdańska” w 1308 r. W przywileju lokacyjnym miasta Zakon zastrzegł sobie prawa mennicze, stąd nie było możliwości bicia własnej monety przez Gdańsk. Państwo zakonne w początkowym okresie emitowało brakteaty. Dopiero reforma monetarna wielkiego mistrza Winrycha von Kniprode (1351–1382) skutkowała pojawieniem się nowych walorów w postaci kwartników, szelągów i półskojców. Pieniądz był emitowany przez kilka mennic znajdujących się w państwie zakonnym, a każda mennica miała inne oznaczenia na monetach. Te z mennicy zakonnej w Gdańsku miały określone znaki międzywyrazowe lub literę „D” nad tarczą zakonną. Z kolei litera „M” oznaczała mennicę w Malborku, a  „t” w Toruniu.


Za czasów wielkiego mistrza Konrada III von Jungingena, (1393-1407) uruchomiona została w Gdańsku mennica złota, w której bito dukaty.